Las primeras poblaciones surgieron a principios del siglo xvi; otros nacieron a partir del comercio, con el devenir de la civilización y el empuje de la minería, la extracción de la quina, el cultivo del tabaco, la arriería y el truque; las demás, que no nacieron a partir de la economía, fueron “pueblos de indios” y el fin era dominarlos fácilmente y a la vez promover las labores de evangelización; algunas provincias como Charalá y Curití surgieron de esta manera. San Gil, por su parte, fue un pueblo de blancos fundado y habitado por españoles. Estos asentamientos afianzaron la colonización y el poblamiento de la provincia durante el período colonial. Debido a esto fue posible la construcción de vías e incluso actualmente se utilizan.

En aposentos del Carrizal, el 6 de mayo de 1688, un grupo de estancieros agregados a la doctrina del pueblo Guane, otorgó su poder en favor de Francisco Díaz Sarmiento, sustituido luego en Leonardo Currea de Betancurt, con el fin de que se iniciara en la Real Audiencia las diligencias conducentes a la fundación de una villa sujeta a la ciudad de Vélez, localizada en el territorio comprendido entre los ríos Sogamoso y Mochuelo (Fonce), cuyo nombre sería Santa Cruz. La segunda parte del nombre San Gil, había sido introducida al proyecto original de Santa Cruz para ganar el favor de Gil de Cabrera y Dávalos, presidente de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá, con el homenaje que se hacía al santo de su nombre.

El 17 de marzo (onomástica de San Gil) de 1689, Gil de Cabrera dictó auto de fundación de la villa, pero solo hasta el 11 de mayo (día de la sangileñidad) siguiente la Real Audiencia procedió a librar la carta que concedía la licencia para fundar una villa en la provincia de Guane con el título de «Muy Noble y Leal Villa de Santa Cruz y San Gil de la Nueva Baeza».

A partir del Ordenamiento Territorial de 1887, decretado por el gobernador Peña Solano para el departamento de Santander, San Gil adquirió la calidad de Municipio, y desde entonces se le ha considerado cabecera de la Provincia de Guanentá. El último de sus prefectos provinciales, nombrado en 1937 fue José A. Solar. El santo patrono de la ciudad es la Santa Cruz de la Nueva Baeza.